Science à Québec!

Après une fin de semaine bien remplie au Congrès Boréal, c'est le temps de passer de la science-fiction à la science tout court. Lundi après-midi, j'aurai le plaisir de présider la session Des peptides et des bactéries, qui se détroulera de 13h à 17 au local 1831 du Pavillon Ferdinand-Vandry de l'Université Laval. Je présenterai aussi pendant cette séance une partie de mes travaux de post-doctorat: "Étude métagénomique des effets de l'antibiothérapie sur la flore microbienne". L'accès est libre et gratuit, alors n'hésitez pas à venir nous voir. Voici le résumé de ma présentation :
Le séquençage à haut débit permet d'évaluer les perturbations de la flore microbienne engendrées par l'antibiothérapie. Nous avons recueilli les selles de 3 contrôles et de 5 volontaires exposés à la céphalosporine cefprozil, et ce avant le traitement (J0), à la fin du traitement (J7) et après le traitement (J90). L'ADN des bactéries a été extrait des matières fécales et séquencé (HiSeq, Illumina), générant environ 15 milliards de nucléotides par métagénome individuel. Les métagénomes ont été assemblés avec Ray Meta, un logiciel hautement parallèle permettant le profilage des espèces microbiennes, des gènes de résistance et des fonctions géniques. La famille des Bacteroidaceae reste la plus abondante chez 7 des 8 participants (J0, J7, J90). Chez le huitième participant, les Prevotelaceae dominent initialement la flore (J0, J7), mais sont remplacés par les Bacteroidaceae (J90). En général, l'administration de cefprozil réduit la diversité bactérienne de manière significative (J7). De plus, l’exposition à l’antibiotique entraine une augmentation de l’abondance de certains gènes de résistance, en particulier les gènes codant pour les bêta-lactamases. Au total, 140 gènes de résistance différents ont été détectés dans les métagénomes, mais seulement 9 sont partagés entre tous les échantillons. En somme, la métagénomique propose de nouvelles avenues pour l'évaluation des antibiotiques.
Vous pouvez aussi consulter mon profil scientifique sur le site de l'acfas. Au plaisir de vous voir à l'ACFAS!

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