Dans 20 jours... la soutenance

Dans un peu moins de trois semaines, je subirai la dernière évaluation de mon cheminement scolaire: ma soutenance de thèse de doctorat. D'ici à ce moment charnière de mon existence, celui où j'ajouterai trois petites lettres à la fin de ma signature (Ph. D), je vous présenterai quelques extraits de ma thèse pour vous donner une idée de mes travaux et de mes motivations. Aujourd'hui : le résumé de ma thèse.
Le séquençage du génome d’un microorganisme est un jalon important dans l’étude de sa biologie. Quel que soit cet organisme, les outils bio-informatiques nécessaires pour comprendre son génome et le comparer aux autres génomes séquencés seront similaires. Dans cette thèse, l’ADN génomique de parasites et de virus est mis à profit afin de mieux comprendre ces microorganismes. 
Dans un premier temps, le parasite protozoaire Leishmania est étudié par transcriptomique et par génomique comparative afin de mieux comprendre son infectivité, sa résistance aux antiparasitaires et son mode de vie dimorphique. Ce parasite alterne entre le stade flagellé (promastigote) et le stade intracellulaire aflagellé (amastigote). Afin de faciliter l’analyse par biopuces du transcriptome de Leishmania, un système de gestion et d’analyse de données de biopuces a été conçu. Quatre études utilisant ce système sont présentées sommairement et leurs implications sont discutées. Deuxièmement, le génome de l’espèce Leishmania (sauroleishmania) tarentolae, qui n’est pas pathogène pour l’humain, a été séquencé et comparé à trois espèces infectant l’homme. Cette étude a montré que, même si peu de gènes différencient les espèces, L. tarentolae possède moins de gènes associés au stade amastigote que les autres espèces. Deux familles de gènes ont été trouvées en nombre de copies élevées chez L. tarentolae : GP63 et PSA31C. Ces résultats permettent une meilleure compréhension de la biologie de L. tarentolae et de la virulence des autres espèces de Leishmania. 
Dans un deuxième temps, les séquences des génomes de virus respiratoires disponibles dans les bases de données publiques ont été analysées pour créer un test diagnostique permettant la détection et l’identification de 25 types de virus respiratoires, dont la grippe A (H1N1) responsable de la pandémie de 2009 et la grippe aviaire A (H5N1). Le test a été validé avec des échantillons de laboratoire et avec des échantillons cliniques. 
Même si l’étude du parasite Leishmania était indépendante de celle des virus respiratoires, les approches utilisées pour ces deux projets étaient similaires. Ainsi, la bio-informatique est un outil essentiel en microbiologie, car elle est indispensable pour résoudre des problèmes de diverses natures chez des organismes différents.

Une dose de King

Besoin d'une petite dose de Stephen King? Sa nouvelle "Herman Wouk is still alive" peut être lue en ligne sur le site de The Atlantic.

Ils ont aussi publié une entrevue avec King.

Voici un extrait de l'entrevue:
SK: In the old days, it would seem like ideas were crammed in like people in an elevator. And my head was sometimes a very noisy place to be. The other thing that happens with that is, say you're working on something and it's going along pretty well, and two or three ideas occur, and they're all yelling "You should write this! You should write this!" It's almost like being married and all of a sudden your life is full of beautiful women. You have to stay faithful to what you're working on. But it can be uncomfortable.
JP: So do you keep them in a different file, or ...?
SK: No. I never write ideas down. Because all you do when you write ideas down is kind of immortalize something that should go away. If they're bad ideas, they go away on their own.
JP: So this awful thing of the writer who goes, "Oh, I had a great idea but I forgot it!" -- you don't really subscribe to that.
SK: No. Because that wasn't a great idea. If you can't remember it, it was a terrible idea.
Bonne lecture!

Épigraphes

L'épigraphe est une citation, au début d'une oeuvre, qui en donne le ton ou le thème. Cela dit, il y a plusieurs citations que j'aimerais mettre en épigraphe, mais qui ne semblent marcher avec aucun texte. En voici deux.

Kankon cours après ses racines - dans son ordinateur mental
Il cherche la source dans la machine - Et mystifie son idéal
Pour faire craquer la solitude - qui emmure son jardin secret
Kankon cultive son aptitude - a attendre la saison d'après.
-- Kankon, Plume Latraverse

For once I was a singer of ballads
A purveyor of music from the heart
But now I have learnt that that is never enough
You want blood and that’s something I’'ve got
You want tears and that’s something I’'ll offer
You want sex, well I can give you that too
You want something to shock you right out of your slumber
And I know that’s getting harder to do
-- Please remain seated, The Rohan Theater Band

À bien y penser, j'ai peut-être trouvé comment les utiliser...

La maison des viscères

Bientôt, l'horreur de chez nous aura un nouveau logis. Un maison dédiée aux entrailles dégoulinantes et aux terreurs sans nom...

Bientôt dans votre bibliothèque numérique!

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Croc VS gator

Comme je l'avais prédit, j'alimente peu ce blogue ces jours-ci. Par contre, je n'ai pas cessé de lire. Et j'ai lu des livres fascinants et terrifiants au cours des dernières semaines. Sans en faire des commentaires très étoffés, voici quelques mots sur deux lectures récentes. Ils sont disponibles en électrolivre, alors pas besoin de sortir de chez vous pour vous les procurer.

Le livre le plus merveilleux que j'ai lu en début d'année est sans doute The adventures of Mr. Maximillian Bacchus and this travelling circus, de Clive Barker. Ce n'est pas un nouveau roman, mais plutôt un des premiers livres que Barker a écrit et qui n'a été publié que récemment, en édition limitée. Heureusement, il est maintenant disponible en électrolive. Même si Barker était peu expérimenté quand il a écrit Bacchus, on trouve dans ce livre toute la magie et l'ampleur mythologique de romans comme Imagica ou Weaveworld, dans le contexte improbable d'un cirque ambulant. Le livre met en vedette un clown dépressif, un crocodile froussard et un amoureux transi...

Si vous voulez me vendre des livres, c'est facile, vous n'avez qu'à m'offrir un bundle à rabais. L'électrolivre Dark Dixie II, de Ronald Kelly, était vendu avec son roman Hell Hollow, pour 6.99$. Je n'ai pas pu résister, et j'ai bien fait. Dark Dixie II est un recueil de nouvelles d'horreur se déroulant dans le sud des États-Unis. Ce qui m'a surpris, c'est que ces histoires étaient presque toutes à chute. Mettant en vedette des araignées sanguinaires, des alligators géants et des créatures d'outre-tombe, Dark Dixie II fut un plaisir à lire, et une leçon de littérature. Vous voulez comprendre comment écrire d'excellentes histoires à chute? Lisez Dark Dixie II. La structure des histoires est un peu redondante, mais la formule fonctionne.